Το Ζινζιρλί τζαμί βρίσκεται στο νοτιοδυτικό τμήμα της πόλης των Σερρών σε μία από τις πιο πυκνοκατοικημένες συνοικίες της. Πρόκειται για ένα μεσαίου μεγέθους τζαμί με έναν κεντρικό τετράπλευρο χώρο που στις τρεις πλευρές του, ανατολική, βόρεια και δυτική, περιβάλλεται από διώροφη κιονοστήρικτη στοά.
Στα νότια εξέχει ο ορθογώνιος στην κάτοψη χώρος του μιχράμπ. Ο κεντρικός χώρος καλύπτεται με τρούλο, ενώ το ισόγειο και ο όροφος των στοών καλύπτονται με σκαφοειδείς θόλους. Στη νοτιοδυτική γωνία σώζεται το μινμπάρ, κατασκευασμένο από μάρμαρο, και ένα από τα καλύτερα σωζόμενα του είδους του στον ελλαδικό χώρο.
Στη βόρεια πλευρά, όπου βρίσκεται και η είσοδος, ανοίγεται το κιονοστήρικτο προστώο που καλύπτεται με χαμηλό τρούλο στο μεσαίο διάχωρο και σκαφοειδείς θόλους στα διάχωρα εκατέρωθεν αυτού. Η στοά είναι κτισμένη με λαξευμένους πωρόλιθους σε ισόδομο σύστημα, ενώ το κύριο σώμα του τεμένους είναι κτισμένο κατά τα επιμελημένο πλινθοπερίκλειστο, όπου οι λίθοι λαξευμένοι ή αργοί περιβάλλονται από πλίνθους.
Από αρχιτεκτονικής και μορφολογικής πλευράς το τέμενος Ζινζιρλί τζαμί εντάσσεται στην ομάδα κτιρίων του τέλους του 16ου αι. που σώζονται στην Κωνσταντινούπολη και θεωρούνται κτίσματα της σχολής Σινάν του μεγάλου αρχιτέκτονα της κλασικής περιόδου της οθωμανικής αρχιτεκτονικής.